A história se passa num mundo onde a humanidade perdeu o controle dos mares. A ameaça que tomou os mares é a “Frota do Mar Profundo”. Os únicos que podem combater essa ameaça são os Kan-musume, garotas que possuem o espírito dos navios dos dias passados. A base para a frota que luta contra a “Frota do Mar Profundo” é Chinjufu. Lá, muitas Kan-musume se reunem para viverem juntas e treinar. Um dia, uma Kan-musume chega a Chinjufu, ela é da classe Destruidora. Seu nome é Fubuki. Entretanto quando sua primeira batalha começa ela revéla que não sabe lutar .